Az ételek ízesítésén és a nátha elűzésén kívül még nagyon sok mindenre jó. Hatásait a benne rejlő értékes vegyületeknek, illóolajoknak és vitaminoknak köszönheti. A hagymagumó alliin és alliináz nevű enzimet tartalmaz, melyek elsősorban a hagyma jellegzetes szagáért felelősek, valamint kiváló baktériumölők. Mindkét vegyület megtalálható a többi hagymafélében is, de mivel a fokhagyma tartalmazza őket a legnagyobb a koncentrációban, egészségmegőrző hatásuk is jóval erősebb, mint a vörös vagy a lilahagymában. Sok B- és C-vitamin is van a fokhagymában, valamint rákmegelőző flavonodiok.